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另外，还用于多肽人工合成中氨基酸的缩合。如Fmoc-固相合成中，氨基酸的羧基与另一个氨基酸的氨基形成酰胺键。为使羧基更易接受亲核试剂进攻，带负电荷的氧原子需先被活化成一个较好的离去基团，二环己基碳二发挥此作用。氨基酸上羧基的氧原子作为亲核试剂进攻二环己基碳二分子中间的碳原子使二环己基碳二与羧基结合形成酯结构，使得氨基的亲核进攻容易进行。

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